L’AFCAE regroupe près de 1 180 cinémas sur tout le territoire français, soit près de 2 500 écrans. L’Association siège dans de nombreuses commissions du CNC (classement Art & Essai, aides sélectives, dispositifs scolaires…) et intervient toute l’année auprès des institutions pour défendre et améliorer le cadre réglementaire de l’exploitation. Elle soutient la diffusion d’environ soixante films recommandés Art & Essai par an, édite des documents sur ceux-ci et constitue un catalogue de fiches sur des films Art & Essai Jeune public.
Elle coordonne plusieurs opérations nationales en direction du grand public, au premier rang desquelles le Festival Télérama-Afcae. Son action est relayée régionalement par 31 associations territoriales, qui organisent notamment des visionnements professionnels et des mises en réseaux de circulation de copies. La vie associative est rythmée par quatre grands rendez-vous professionnels nationaux : Rencontres Patrimoine/Répertoire au mois de mars, Rencontres Art & Essai en amont du Festival de Cannes, Rencontres Jeune Public en septembre, Journée Européenne du Cinéma Art & Essai en novembre.